En el interior de nuestro cuerpo existe un mundo microscópico de gran complejidad que apenas se ha explorado: la microbiota intestinal, el conjunto de microorganismos (virus, bacterias, hongos, arqueas y diversos parásitos) que residen en el tracto gastrointestinal. Consta de miles de millones de microbios que suelen vivir en armonía con nosotros y que pueden llegar a tener un peso de en torno a 500 gramos. Este vasto ecosistema microscópico desempeña varias funciones vitales como la protección frente a la invasión de bacterias perjudiciales o la producción y absorción de determinados nutrientes como la vitamina K y varias vitaminas del grupo B.

La microbiota intestinal (conocida erróneamente como «flora intestinal» en la cultura popular) ha recibido un gran interés científico y médico en la última década. Los amplios avances en las tecnologías para estudiar el genoma de la inmensa variedad de microorganismos que colonizan el tracto intestinal han permitido empezar a conocer cómo estos podrían modular aspectos tan diferentes de la salud como el riesgo de padecer obesidad, alergias, diabetes tipo 2 o enfermedad inflamatoria intestinal. Sin embargo, la microbiota intestinal sigue siendo un gran misterio y multitud de especies que la pueblan (sobre todo virus) son desconocidas. De hecho, a día de hoy, ni siquiera sabemos qué es lo que diferencia a una microbiota sana de una enferma (salvo cuando existen infecciones por bacterias claramente patógenas), por la extrema variabilidad de la composición de esta entre distintas personas.

A pesar de nuestro limitado conocimiento de la microbiota intestinal, los científicos están desarrollando y evaluando potenciales tratamientos a partir de esta. En la actualidad, la terapia con más respaldo científico de entre todos ellos es el trasplante fecal para tratar a las personas que sufren una infección intestinal persistente por la bacteria Clostridioides difficile. Este microorganismo forma parte de la microbiota normal de muchísimas personas sin que cause ningún problema. No obstante, el uso de antibióticos y otros factores pueden destruir la microbiota normal y provocar que esta bacteria se expanda por el intestino y provoque graves enfermedades intestinales.

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